Johannes Willibrordus Maria Hendriks wordt geboren te Leidschendam op 17 november 1954 in een katholieke familie als zoon van Wim en Nelly Hendriks-Van Heiningen. Zijn vader is tuinder en veiling­bestuurder. Hij volgt het klein-seminarie (later: diocesaan college) Leeuwenhorst te Noordwijkerhout, waaraan hij in 1973 eind­examen gymnasium α doet. Daarna studeert hij aan Katholieke Theologische Hoge­school te Amsterdam, waar hij de propedeuse doet, en aan het Groot-seminarie Rolduc te Kerkrade, waar hij zijn priesterlijke vorming voltooit. Aansluitend doet hij zijn pastorale jaar in de St. Petrus­parochie te Leiden.